Von 2016 bis 2019 kam es verstärkt in dem See zur Faulgasbildung und zum Fischsterben von über 1300 Fischen. Daher sind Maßnahmen zur Verbesserung der Gewässerqualität des Sees erforderlich. Hierzu sollte eine Entschlammung des Sees erfolgen. In Folge dessen, sollen Neuanpflanzungen im Gewässer erfolgen. Weiterhin sind die Durchlässe, welche die einzelnen Seeabschnitte verbinden, auf Grund ihres Alters und jetzigen Zustands zu erneuern. Die Maßnahme soll in mehreren Jahresabschnitten erfolgen.
Für 2020/21 sind eine Gewässeruntersuchung und die Planung der Maßnahme vorgesehen.

Eine Bodenuntersuchung des Parchauer Sees wurde durchgeführt, dabei wurde der Gewässerboden bzw. Schlamm den Zuordnungswert Z2 zugeschrieben. Dies lag an zu hohen Sulfat- und TOC-Werten (total organic carbon). Durch die Zuordnung zum Z2 sind entsprechende Abfallgesetze einzuhalten. 

Die Maßnahme wurde auf Grund der zu Hohen Kosten von ca. 7 Mio. Euro nur für die Entschlammung und Entsorgung abgebrochen. Durch die WRRL werden nur Maßnahmen bis 3 Mio. Euro gefördert, was drüber hinausgeht, hätte der Unterhaltungsverband „Stremme/Fiener Bruch“ selber stemmen müssen.